جاءت فكرة إنشاء الجمعية في أواخر عام 1400هـ كما يروي الشيخ/ حمد بن سعيدان ، أحد مؤسسي المركز وعضو مجلس الإدارة: ثمرة لحوار مع مجموعة من محبي الخير الذين نعرفهم آنذاك ولنا بهم صلة وهم: الشيخ صالح بن غانم السدلان والشيخ محمد بن علي بن خميس وابنه عبد المحسن والشيخ محمد بن عبد الله جماز، لتأسيس عمل خيري في الرياض وتم التوافق على أن يكون مركزاً خيرياً يعنى بتعليم القرآن الكريم والعلوم الشرعية.
وقد توافق المؤسسون على أن يختص المركز بتعليم القرآن الكريم والعلوم الشرعية رغبة في تحصيل شرف هذا المجال .
بعد اتضاح الفكرة ، يستذكر الشيخ/ حمد بن سعيدان، قائـــلاً: شرعنــــــــا في الإعداد لتنزيلها على أرض الواقع واستخراج التصاريح اللازمة في شهر ذي القعدة من العام 1400هـ، فخاطبنا المقام السامي عبر الشيخ ابن باز بصفته رئيساً لإدارة البحوث العلمية والإفتاء والدعوة والإرشاد، بتاريخ 20/12/1400هـ.
فأُحيل طلبنا إلى مدير جامعة الإمام محمد بن سعود، معالي الدكتور/ عبد الله بن عبد المحسن التركي ليرفع تقريراً عن فكرة المركز وغاياته، فاجتمع بنا الدكتور/ التركي وصاغ تقريراً وافياً بعد مباحثتنا في الفكرة وترتيباتها المالية والإدارية .
وتواصلت المتابعات والمراسلات إلى أن صدرت الموافقة السامية بإنشاء المركز عام 1401هـ يوم 9 من شهر رجب بمسمى المركز الخيري لتعليم القرآن الكريم وعلومه.
و تضمنت الموافقة السامية توجيهاً بأن يكون المركز تحت إشراف جامعة الإمام محمد بن سعود ورئيسها آنذاك معالي الدكتور / عبد الله التركي .
بعد الموافقة السامية تم تكوين أول مجلس إدارة للمركز، ومن أعضائه: معالي الدكتور/ التركي رئيساً، وبعضوية المؤسسين: أبناء محمد بن سعيدان ( عبد الله وفهد وحمد وإبراهيم ) ومحمد بن خميس وولده عبد المحسن والشيخ/ محمد الجماز إضافة إلى الشيخ الدكتور/ عبد الله السعد وكيل جامعة الإمام .
ظل المركز تحت إشراف جامعة الإمام محمد بن سعود منذ تأسيسه في عام 1401هـ إلى أن تم إنشاء وزارة الشؤون الإسلامية في العام 1414هـ فانتقلت تبعيته إليها، تحت إشراف معالي الدكتور / عبد الله التركي أيضاً إذ تولى الوزارة
وتم تكوين أول جمعية عمومية برئاسة وزير الشؤون الإسلامية وقتها معالي الدكتور/ عبد الله بن عبد المحسن التركي، وعقدت أول اجتماعاتها في العام 1416هـ وانتخبت مجلس إدارة جديد برئاسة الشيخ/ صالح بن غانم السدلان والشيخ/ حمد بن سعيدان نائباً له وبعضوية الشيخ/ إبراهيم بن سعيدان والشيخ/ محمد الجماز ومحمد بن علي بن خميس، والشيخ/ عبد الله الخلف، والشيخ/ العباس الحازمي، لمدة ثلاث سنوات.
وبناء على نظام الجمعيات والمؤسسات الأهلية الصادر بالمرسوم الملكي بتاريخ 19/02/1437 انتقل الإشراف الإداري والمالي لوزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية وأصبح المسمى جمعية المركز الخيري لتعليم القرآن الكريم وعلومه
